Existen moluscos tanto en el mar, como en tierra y agua dulce. El número de especies de moluscos está lejos de ser conocido, pudiendo existir más del doble de las 80.000 especies actualmente descritas.

La colección de moluscos del MNCN es eminentemente científica, aunque con muchos especímenes históricos. El número de ejemplares está cerca de 2.000.000, repartidos en unos 130.000 lotes correspondientes a 12.000 especies. La colección conserva ejemplares de las 8 clases conocidas de moluscos: 24 especies de Solenogastros (240 descritas), 7 de Caudofoveados (150 descritas), 35 de Escafópodos (800 descritas), 161 de Poliplacóforos (1.000 descritas), 2 de Monoplacóforos (30 descritas), 43 de Cefalópodos (600 descritas), 1.705 de Bivalvos (8.000 descritas) y 9.979 de Gasterópodos (60.000 descritas).

Aunque existe material malacológico de todo el mundo, las faunas mejor representadas son las de la Península Ibérica, Filipinas, Cuba, Guinea Ecuatorial y Sudamérica. Las colecciones de moluscos terrestres de Filipinas, Cuba y Guinea Ecuatorial, así como la de moluscos marinos de la familia Conidae, podrían considerarse entre las mejores del mundo. En la colección de moluscos terrestres y de agua dulce existen especies hoy ya extinguidas. Existe además una importante representación de la fauna de moluscos americana procedente de la "Comisión Científica del Pacífico", expedición que tuvo lugar entre los años 1862 y 1866. Es interesante también reseñar las colecciones históricas, resultado del trabajo de personas como Franco Dávila, cuya colección se remonta al inicio del Real Gabinete de Historia Natural y forma parte de su colección original, o de investigadores como Graells, Paz y Membiela, González Hidalgo, Azpeitia, Ortiz de Zárate y Cobos. Otro material malacológico ha sido depositado de forma continua por naturalistas y científicos desde que el Rey Carlos III inició el Museo.

Más del 85 % de los lotes están conservados en seco, pero también existe una importante colección de ejemplares en etanol, muchos de ellos susceptibles de ser utilizados en estudios moleculares. También hay preparaciones de ejemplares para microscopio óptico y de barrido, así como una interesante colección de perlas. Actualmente está informatizado el 60 % de todo este material.

Ver el listado por familias de la colección

Existen 1.656 ejemplares tipo de moluscos correspondientes a más de 1.200 especies diferentes. Esta colección está totalmente informatizada y ordenada en armarios especiales. Ver listado de tipos ordenado por clases y familias.

El resto de la colección se conserva en armarios ordenada alfabéticamente por familias.

Recientemente se ha iniciado la formación de una colección didáctica de moluscos complementaria a la colección de investigación, y en la que los ejemplares, al carecer de datos asociados, son más apropiados para la exhibición o estudios no científicos. Esta colección didáctica, todavía en formación, está actualmente compuesta por aproximadamente 1.000 lotes.

El crecimiento de la colección es continuo, fundamentalmente gracias a proyectos de investigación del propio MNCN así como a nuevas donaciones y legados. Cabe destacar la reciente donación de la colección de Javier Conde, con más de 25.000 lotes. El trabajo de informatización de los lotes se va haciendo también de forma regular y continuada, al igual que la actualización de la taxonomía y la corrección de posibles errores asociados a la información de los ejemplares. Por ello, las visitas de investigadores que ayuden en la actualización de la taxonomía de los grupos de su especialidad son siempre bienvenidas. Hay 2.000 lotes fotografiados, y nuevas fotografías se van haciendo a medida que son solicitadas. Para obtener fotografías de la colección, rellenar y enviar este formulario.

Parte de los datos de la colección pueden encontrarse volcados en GBIF y GenBank. Todas las consultas que se quieran hacer sobre la colección son siempre contestadas por el personal de la misma.

Todo el material de las colecciones es susceptible de prestarse para estudio y exposiciones a personal acreditado de Universidades, Colegios, Museos y otros centros dedicados a la educación e investigación.